Em 1934, o então pároco, padre Antônio Zattera, por ocasião do cinquentenário de criação da Paróquia, solicitou ao arcebispo de Porto Alegre, dom João Becker, a elevação da igreja matriz, à categoria de Santuário Diocesano de Santo Antônio de Lisboa. A documentação foi encaminhada no mesmo ano da criação da Diocese de Caxias do Sul, no entanto, não havia nomeação do bispo local até aquele momento. Desta forma, o decreto foi assinado pelo então arcebispo da Capital, em 27 de dezembro de 1934 e passou a valer no dia 31 do mesmo mês.

​

Os documentos datam a construção da igreja entre os anos de 1890 e 1894. Ao longo das décadas, o templo passou por inúmeras reformas e, em 2007 iniciou o restauro interno e externo, concluído em 2014. Entre as obras realizadas esteve a substituição do telhado, bem como a reconstituição das pinturas artísticas internas que relatam os milagres atribuídos à intercessão de Santo Antônio. Em 30 de janeiro de 2007, o local foi tombado como Patrimônio Histórico de Bento Gonçalves. 

 

No ano de 2019, no dia 31 de dezembro, em Missa Solene presidida pelo bispo da Diocese de Caxias do Sul, dom José Gislon, foram celebrados os 85 anos do acontecimento.